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BIO Dipartimento di Biologia

Ricerca in collaborazione

Laboratorio di Ecologia e Fisiologia vegetale

Presso il Laboratorio di Ecologia e Fisiologia vegetale (Via Micheli, 1) il gruppo di ricerca in Ecologia del fitoplancton effettua misure in situ di parametri fisici e ottici e analisi chimiche e biologiche per la valutazione degli ecosistemi acquatici, in particolare di acque marine del largo e costiere, come specificato nel tariffario (pdf)

 

Laboratorio di Genomica Avanzata

Il Laboratorio di Genomica Avanzata del Dipartimento di Biologia (DBIO), Università degli Studi di Firenze, dispone delle seguenti attrezzature di sequenziamento di acidi nucleici:

  • Illumina NovaSeq 6000
  • PacBio Sequel
  • Illumina MiSeq
  • Life Technologies SeqStudio
  • Applied Biosystems 3130xl

Il sistema di sequenziamento a singola molecola in tempo reale PacBio Sequel è, ad Aprile 2019, l’unica macchina disponibile sul territorio italiano.

L’intero parco macchine è disponibile per progetti di ricerca in collaborazione.

Per quanto riguarda l’offerta di servizi di sequenziamento, il laboratorio mette a disposizione il NovaSeq 6000 con le seguenti tipologie di prestazione servizi:

1) UTILIZZO TEMPO MACCHINA

  • Il committente acquista il NovaSeq 6000 Reagent Kit ( https://emea.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/cluster-gen-sequencing-reagents/novaseq-reagent-kits.html) di sua necessità. Una volta acquistati, i singoli kit dovranno essere recapitati al DBIO direttamente dalla ditta produttrice (Illumina);
  • Il committente prepara il mix di librerie genomiche alla necessaria concentrazione per il caricamento diretto nella cartuccia (cartridge) per la generazione dei clusters. Il mix di librerie verrà recapitato a DBIO a carico del committente. Il personale del DBIO sarà incaricato di posizionare la mix di librerie all’interno della suddetta cartuccia;
  • Il personale DBIO esegue le reazioni di sequenziamento mediante sintesi nel NovaSeq 6000. Il committente corrisponde al DBIO un importo per il tempo impiegato dal NovaSeq 6000 ad eseguire la suddetta reazione con riferimento alla Tabella riportata nel tariffario di cui sotto;
  • I risultati delle reazioni di sequenziamento potranno essere recuperati dal committente tramite protocollo ftp o recapitati al committente in un dispositivo di archiviazione dati (disco rigido) fornito dal committente. Ulteriori modalità di trasferimento dati potranno essere concordate tra committente ed il DBIO.

2) UTILIZZO TEMPO MACCHINA con reagenti acquistati dal DBIO a carico del committente

  • Questa opzione prevede il solo recapito delle librerie genomiche al DBIO. I kit di sequenziamento vengono acquistati dal DBIO e addebitati al committente insieme ai costi di utilizzo tempo macchina riportati nel tariffario di cui sotto. Le modalità di trasferimento dati sono identiche a quanto descritto al punto 1).

Per ulteriori informazioni:
genomica.avanzata@bio.unifi.it (ed in cc: claudio.ciofi@unifi.it, martina.lari@unifi.it)

 

Scarica il tariffario (pdf)

 

 

 

Info su 'Ricerca in collaborazione' (sito di Ateneo)

 
ultimo aggiornamento: 24-Apr-2019
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