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POLO SCIENTIFICO - SESTO F.NO

Lab di Biologia COMPUTAZIONALE E DEI SISTEMI

1.VIDEO DI PRESENTAZIONE CLICCA E GUARDA
2.SCARICA SCHEDA LABORATORIO IT/EN
3.VEDI SOTTO SCHEDA DEL LABORATORIO

 

Lab di Biologia computazionale e dei sistemi  

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ATTIVITA' DI RICERCA 

La nostra attività di ricerca è rivolta allo sviluppo di modelli computazionali e sperimentali per lo studio e la comprensione di fenomeni biologici complessi, incluse le loro dinamiche. Gli argomenti che trattiamo riguardano principalmente la genetica microbica e comprendono: 

  • Interazione tra replicazione del DNA, espressione genica e metabolismo 
  • Comunicazione tra batteri (quorum sensing) 
  • Basi genomiche della resistenza e della produzione di antibiotici 
  • Dinamica delle comunità microbiche 

Il laboratorio, inoltre, si dedica all’analisi di dati -omici, con particolare riferimento all’ambito della genomica (sequenziamenti de novo, metagenomica e trascrittomica) e della metabolomica (integrazione con modelli metabolici genome-scale) 

 

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STRUMENTAZIONE PRESENTE  

  • Computational facility: Dell server R7525 
  • Microbial growth facility: chi.bio, open-source robotic platform for experimental automation in biological science research and education 

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DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE 

Il laboratorio è aperto alla collaborazione con altri gruppi di ricerca i cui interessi ricadano nelle aree di ricerca e che prevedano un approccio multi-disciplinare.   

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ANALISI CONTO TERZI 

Il Laboratorio mette a disposizione le proprie dotazioni e competenze scientifiche per l'effettuazione di analisi in conto terzi per: 

Analisi di dati da Next Generation sequencing volti alla determinazione: 

  • Composizione tassonomica delle comunità microbiche 
  • Analisi funzionale delle comunità microbiche 
  • Analisi di dati di sequenziamento di genomi microbici volti alla identificazione di specifici cluster genici e/o mutazioni (SNPs). 

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DOVE SIAMO 

    1. Sede: Dipartimento di Biologia 

    2. Indirizzo/i: Via Madonna del Piano 6, 50019, Sesto Fiorentino, Italy 

 

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CHI SIAMO 

Referente/i:   

Marco Fondi 

  

Componenti:   

Michele Giovannini  

Tania Alonso-Vásquez 

Gianluigi Garbini 

Francesca Vaccaro 

  

PER CONTATTARCI  

marco.fondi@unifi.it 

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WEB E SOCIAL 

dbefcb.unifi.it 

Social: youtube - FB - Instagram 

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RESEARCH PROJECTS:  

  • Escaping the ESKAPEs: integrated pipelines for new antibacterial drugs

EN

Computational and Systems Biology Lab

RESEARCH ACTIVITY 

Our research is focused on the understanding of complex cellular phenotypes through the use of computational modelling and experimental procedures. In particular, we are actually focused on general microbial genetics aspects, such as:


  • The interaction between DNA replication and gene regulation/metabolism
  • Microbial cell-to-cell comunication (e.g. Quorum Sensing)
  • Genetic bases of antibiotic resistance and production
  • Dynamics of microbial communities

Our lab is also involved in the analysis of -omics data and, in particular, genomics (de novo genome sequencing, transcriptomics and metagenomics) and metabolomics (integration of metabolomic data with genome-scale metabolic modelling)

INSTRUMENTATION PRESENT

  • Computational facility: Dell server R7525
  • Microbial growth facility: chi.bio, open-source robotic platform for experimental automation in biological science research and education

AVAILABILITY FOR COLLABORATION

The group is open to collaboration with other groups whose interests fall in the research activities and that require a multi-disciplinary approach

ANALYSIS FOR THIRD PARTIES 

The Laboratory provides its equipment and scientific expertise to perform analyses for third parties for

WHERE WE ARE

1. Department of Biology 

2. Address(es):

Via Madonna del Piano 6, 50019, Sesto Fiorentino, Italy

WHO WE ARE

Responsible(s):

Marco Fondi


Members:

Michele Giovannini 

Tania Alonso-Vásquez

Gianluigi Garbini

Francesca Vaccaro


TO CONTACT US

marco.fondi@unifi.it 

WEB AND SOCIAL

Website:

dbefcb.unifi.it

Social:  youtube - FB - Instagram

RESEARCH PROJECTS: 

 

Lab. di Biologia GENETICA MICROBICA

1.VIDEO DI PRESENTAZIONE CLICCA E GUARDA
2.SCARICA SCHEDA LABORATORIO GENETICA_MICROBICAIT/EN_
3.VEDI SOTTO SCHEDA DEL LABORATORIO

IT 

Laboratorio di GENETICA MICROBICA 

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ATTIVITA' DI RICERCA 

Studio della genetica delle interazioni batteri-piante 

Studio dell’evoluzione del genoma batterico 

Sviluppo di soluzioni microbe-based innovative per agricoltura sostenibile 

 

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STRUMENTAZIONE PRESENTE  

  • Strumenti di base per genetica molecolare 
  • Strumentazione di base per microbiologia 
  • Elettroporatore 
  • Cella climatica 
  • Microscopio ad epifluorescenza 

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DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE 

Siamo aperti alla collaborazione su aspetti di studio dei microbiomi e dei batteri nelle interazioni piante-microorganismi 

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ANALISI CONTO TERZI 

Il Laboratorio mette a disposizione le proprie dotazioni e competenze scientifiche per l'effettuazione di analisi in conto terzi per: 

  • Titolazione batteri su semente confettata  
  • R&D per seed coating 
  • In vitro testing per bioinoculanti 

TARIFFARIO: tariffe da definire sulla base della richiesta 

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DOVE SIAMO 

    1. Sede: Dipartimento di Biologia 

    2. Indirizzo/i: Sesto Fiorentino, via Madonna del Piano 6, Edificio M3, primo piano 

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CHI SIAMO 

Referente/i:  Alessio Mengoni 

Componenti:  vedi www.dblage.unifi.it 

PER CONTATTARCI  

email  alessio.mengoni@unifi.it 

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WEB E SOCIAL 

Sito Web: www.dblage.unifi.it 

Social: Bluesky https://bsky.app/profile/alessiome.bsky.social 

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PROGETTI DI RICERCA: 

Vedi www.dblage.unifi.it 

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GRUPPI DI RICERCA ASSOCIATI AL LABORATORIO 

Florence Computational Biology Group (COMBO)

EN

MICROBIAL GENETICS Laboratory

RESEARCH ACTIVITY 

  • Study of the genetics of bacteria-plant interactions
  • Study of the evolution of the bacterial genome
  • Development of innovative microbe-based solutions for sustainable agriculture

INSTRUMENTATION PRESENT

  • Basic instruments for molecular genetics
  • Basic instruments for microbiology
  • Electroporator
  • Green room
  • Epifluorescence microscope

AVAILABILITY FOR COLLABORATION

We are open to collaborate on the analysis of microbiomes and bacteria in the context plant-microbe interaction

ANALYSIS FOR THIRD PARTIES 

The Laboratory provides its equipment and scientific expertise to perform analyses for third parties for:

  • Titration of bacteria on coaded seeds
  • R&D for seed coating
  • In vitro testing of bioinoculants

PRICES: Link to the PDF on the University website

WHERE WE ARE

1. Headquarters: Dept. of Biology

2. Address: Sesto Fiorentino, via Madonna del Piano 6, Building M3, 1st floor

WHO WE ARE

Responsible(s):

Name and Surname link to search who

Members: see www.dblage.unifi.it

TO CONTACT US

email or secretary or employee and/or telephone number

alessio.mengoni@unifi.it

WEB AND SOCIAL

Website: : www.dblage.unifi.it

Social: Bluesky https://bsky.app/profile/alessiome.bsky.social

RESEARCH PROJECTS: 

See www.dblage.unifi.it

RESEARCH GROUPS ASSOCIATED WITH THE LABORATORY 

Florence Computational Biology Group (COMBO)

Lab Ecologia Animale e Conservazione della Biodiversità (B.0.11) -IN COSTRUZIONE-

1.VIDEO DI PRESENTAZIONE RICERCA GRUPPO SANTINI CLICCA E GUARDA
2.SCARICA SCHEDA LABORATORIO IT/EN
3.VEDI SOTTO SCHEDA DEL LABORATORIO
1.VIDEO DI PRESENTAZIONE RICERCA GRUPPO ROVERO CLICCA E GUARDA
2.SCARICA SCHEDA LABORATORIO IT/EN
3.VEDI SOTTO SCHEDA DEL LABORATORIO 

SCHEDE DEI 2 GRUPPI DI RICERCA

IT

Ecologia Animale e Conservazione della Biodiversità GRUPPO SANTINI

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ATTIVITA' DI RICERCA

Ecologia di popolazione e comunità di insetti (Imenotteri Formicidi) e vertebrati in sistemi naturali, semi-naturali ed antropizzati

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STRUMENTAZIONE PRESENTE

  1. Microscopi da entomologia con possibilità acquisizione immagini e misurazioni
  2. Cella termostatata
  3. Attrezzatura leggera per rilievi sul campo e monitoraggio attività

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DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE

Il laboratorio è aperto alla collaborazione con altri gruppi di ricerca i cui interessi ricadano nelle aree di ricerca sopra elencate.

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ANALISI CONTO TERZI

Il Laboratorio mette a disposizione le proprie dotazioni e competenze scientifiche per l'effettuazione di analisi in conto terzi per:

  1. Valutazione comunità di invertebrati in ambienti terrestri
  2. Biomonitoraggio ambienti terrestri
  3. Valutazione stato popolazioni vertebrati

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DOVE SIAMO

1. Sede: Dipartimento di BIologia

2. Indirizzo: Sesto Fiorentino 50019,Via Madonna del Piano 6, Edificio M1

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CHI SIAMO

Referente: 

Giacomo Santini https://cercachi.unifi.it/cercachi-per-4135.html

Componenti:

Alberto Masoni

Valeria Avetta

PER CONTATTARCI

giacomo.santini@unifi.it

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WEB E SOCIAL

Sito Web: https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/

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PROGETTI DI RICERCA:

MONITANT: Developing a European-level Monitoring strategy for mound-building Formica ants and symbiont communities residing in nest mounds. www.monitant.de

Per altri progetti visitare la pagina:

https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/

 

EN

ANIMAL ECOLOGY AND BIODIVERSITY CONSERVATION SANTINI GROUP

RESEARCH ACTIVITY 

Population and community ecology of invertebrates (mainly ants) and vertebrates in natural, semi-natural, and anthropised ecosystems.

INSTRUMENTATION PRESENT

  1. Entomology microscopes with image acquisition and measurement capabilities 
  2. Thermostat-controlled cell 
  3. Lightweight equipment for field surveys and activity monitoring

AVAILABILITY FOR COLLABORATION

The group is open to collaboration with other groups whose interests fall in the research activities.

ANALYSIS FOR THIRD PARTIES 

The Laboratory provides its equipment and scientific expertise to perform analyses for third parties for:

  1. Population assessment
  2. Biomonitoring (terrestrial environments)
  3. PRICES: Link to the PDF on the University website

WHERE WE ARE

1. Headquarters: Department of Biology

2. Address(es): Sesto Fiorentino 50019,Via Madonna del Piano 6, Building  M1

WHO WE ARE

Responsible:

Giacomo Santini https://cercachi.unifi.it/cercachi-per-4135.html


Members:

Alberto Masoni

Valeria Avetta


TO CONTACT US

giacomo.santini@unifi.it

WEB AND SOCIAL

Website:

https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/


Social:

Instagram: @biologia_unifi; https://www.instagram.com/biologia_unifi/

FaceBook: @Dipartimento di Biologia; https://www.facebook.com/biounifi/

YouTube: @biologia-unifi; https://www.youtube.com/@biologia-unifi

RESEARCH PROJECTS: 

MONITANT: Developing a European-level Monitoring strategy for mound-building Formica ants and symbiont communities residing in nest mounds. www.monitant.de


For other projects see:

https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/

IT

Ecologia animale e conservazione della biodiversità GRUPPO ROVERO

ATTIVITA' DI RICERCA

Il nostro gruppo si focalizza sulla comprensione dei fattori di stato e vulnerabilità di popolazioni e comunità, primariamente su mammiferi come soggetto e foto-trappolaggio come metodo di rilevamento. Tra i progetti che conduciamo vi è un programma di lungo periodo su foreste ad alta biodiversità della Tanzania, dove ricerca e monitoraggio contribuiscono a studi di scala globale e sono funzionali a sforzi di conservazione e di formazione della capacità locali. Dal 2025 siamo referenti scientifici di un progetto PNRR di studio e monitoraggio della fauna su tutti i parchi nazionali Italiani.

DISPONIBILITA' ALLA COLLABORAZIONE

Collaboriamo con molti altri gruppi di ricerca in Italia e all’estero.

DOVE SIAMO

    1. Sede: Dipartimento di Biologia, sede di Sesto Fiorentino

    2. Indirizzo/i: Via Madonna del Piano 6, 500129 Sesto F.no, secondo piano, ufficio B. 2.33

CHI SIAMO

Referente:  

Francesco Rovero (https://cercachi.unifi.it/p-doc2-0-0-A-3f2b3c31362f28.html)

Componenti: Ilaria Greco, Marco Salvatori, Matilde Marconi

PER CONTATTARCI 

francesco.rovero@unifi.it

WEB E SOCIAL

Sito Web: 

https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/vp-10-presentation.html

PROGETTI DI RICERCA:

progetti attuali 

  • Wild.AI
  • Big_Picture (Biodiversa +)
  • CarNet-Par (PRIN 2022)
  • Ecology and trends of mammalian communities in Italian protected areas
  • Ecology and conservation of tropical forest mammals
  • Udzungwa Ecological Monitoring Centre
  • Udzungwa primate ecology and dynamics

progetti chiusi 

-Mongolia Snow Leopard

-CONTAN - Developing curricula for biodiversity monitoring and conservation in Tanzania

GRUPPI DI RICERCA ASSOCIATI AL LABORATORIO

(Inserire i nomi dei gruppi associati al laboratorio)

Gruppo del prof. Giacomo Santini

EN

Animal ecology and biodiversity conservation ROVERO GROUP

RESEARCH ACTIVITY 

Our group focuses on understanding drivers of status and vulnerability of populations and communities, with most experience on mammals as the subject and camera trapping as the detection method. Among the projects implemented is a long-term programme in the high biodiversity forests in Tanzania, where research and monitoring efforts contribute to global-scale studies and are conducive to conservation and capacity building efforts. Since 2025 we are the scientific coordinators of a PNRR project to study and monitor wildlife across all Italian national parks.

AVAILABILITY FOR COLLABORATION

We collaborate with several other groups in Italy and abroad.

WHERE WE ARE

1. Headquarters: Department of Biology, section of Sesto Fiorentino

2. Address(es): Via Madonna del Piano 6, 50019 Sesto Fiorentino, second floor, room B. 2.33

WHO WE ARE

Responsible:

Francesco Rovero (https://cercachi.unifi.it/p-doc2-0-0-A-3f2b3c31362f28.html)

Members (post-doc and PhD): Ilaria Greco, Marco Salvatori, Matilde Marconi

TO CONTACT US

francesco.rovero@unifi.it

WEB AND SOCIAL

Website:

https://www.ecologyandbiodiversity.unifi.it/vp-10-presentation.html

RESEARCH PROJECTS: 

Insert only titles of current projects (then add the link to the 'projects' page) 

  • Wild.AI
  • Big_Picture (Biodiversa +)
  • CarNet-Par (PRIN 2022)
  • Ecology and trends of mammalian communities in Italian protected areas
  • Ecology and conservation of tropical forest mammals
  • Udzungwa Ecological Monitoring Centre
  • Udzungwa primate ecology and dynamics

Insert only titles of completed and closed projects (then add the link to the 'projects' page)

  • Mongolia Snow Leopard
  • CONTAN - Developing curricula for biodiversity monitoring and conservation in Tanzania

RESEARCH GROUPS ASSOCIATED WITH THE LABORATORY 

(Insert the names of the groups associated with the laboratory)

Group of prof. Giacomo Santini

 

Ultimo aggiornamento

17.07.2025

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